No Brasil, mais de 94% da produção cientifica é realizada nas universidades públicas e essas são viabilizadas graças ao apoio administrativo das Fundações de Apoio que permite aos pesquisadores se ocupar exclusivamente das questões técnicas das pesquisas científicas e tecnológicas. Recentemente os artigos 218 e 219 da Constituição Federal que tratam sobre Ciência e Tecnologia foram revistos para reduzir as barreiras burocráticas que permeiam a pesquisa e a inovação, visando ampliar a interação dos docentes, pesquisadores e alunos das universidades com o setor produtivo e a sociedade em geral.
As Fundações de Apoio são instituições de direito privado instituídas pelo Código Civil – Lei 10.406/2002, veladas pelos Ministérios Públicos Estaduais, credenciadas pelo MEC e MCTI, e integram o Sistema Nacional de Desenvolvimento Científico, Tecnológico e de Inovação do País. Atualmente existem 98 Fundações de Apoio credenciadas no CONFIES – Conselho Nacional das Fundações de Apoio as Instituições de Ensino Superior e de Pesquisa Científica e Tecnológica. Esse credenciamento pelo MEC e MCTI obriga essas Fundações a serem fiscalizadas também pelos órgãos superiores da universidade apoiada e a prestação de contas regular aos dois Ministérios. A lei que rege as Fundações, Lei 8.958 de 20 de dezembro de 1994, regulamentada pelo Decreto Nº 7.423 de 14 de dezembro de 2010, em seu artigo 1o autoriza as IFES a celebrar contratos e convênios com as suas Fundações de Apoio com a finalidade de apoiar projetos de ensino, pesquisa, extensão e desenvolvimento institucional, científico e tecnológico e estímulo à inovação, inclusive na gestão administrativa e financeira.
Nas IFES, o ensino, a pesquisa e a extensão são pilares indissociáveis e estão entre as funções regulares do docente de dedicação exclusiva. O principio da indissociabilidade entre essas atividades está inscrito e consagrado na Constituição desde 1988, em seu artigo 207, assim como o da autonomia universitária. Portanto, o docente em regime de dedicação exclusiva pode receber por colaboração eventual ou esporádica segundo os artigos 20o e 21oda Lei 12.772/2012, que trata doPlano de Carreiras e Cargos do Magistério. Além disso, a Lei 8.958/94 autoriza as Fundações de Apoio a conceder bolsas de ensino, pesquisa e extensão não apenas a docentes como também a servidores públicos técnico-administrativos das universidades que participem de projetos de pesquisa, observando apenas que a soma não pode ultrapassar o teto de remuneração do servidor público, bem como a Lei 12.349/2010 que autoriza as Fundações de Apoio a conceder bolsa de estimulo à inovação.
Entes públicos podem dispensar uma licitação na contratação de uma Fundação de Apoio para realizar um projeto de pesquisa, ensino ou extensão, com base no artigo 24, inciso XIII da lei de licitações e contratos administrativos, a Lei 8.666/83 c/c o art. 1º da lei 8.958/94.
As Fundações de Apoio são amplamente fiscalizadas, pois os convênios, os contratos e os projetos de ensino, pesquisa, extensão e inovação científicas e tecnológicas executados por meio das fundações de apoio sofrem fiscalização não apenas da auditoria externa credenciada pelo Ministério Público, como dos Conselhos das fundações, assim como da auditoria interna e do Conselho Universitário das universidades apoiadas. Além disso, as Fundações são veladas pelo Ministério Público Estadual que examina anualmente suas contas. As fundações também são fiscalizadas pela Controladoria Geral da União – CGU e pelo Tribunal de Contas da União– TCU, e, quando for o caso, pelos Tribunais de Contas dos Estados. Para um projeto de pesquisa ser apoiado por uma fundação ele deve passar pela aprovação previa também do departamento ao qual se vincula o docente, o Conselho da unidade acadêmica e o Colegiado do Centro. Finalmente, as Fundações de Apoio são fiscalizadas pelos órgãos e empresas públicas e privadas que as contratam.
A parceria entre as Fundações de Apoio e as IFES contribui com a qualidade do ensino, pois os alunos que participam dos projetos de pesquisa e extensão, além de apreenderem a produzir novos conhecimentos científicos, são confrontados com problemas reais da sociedade;expande e atualiza a infraestrutura de equipamentos e instalações e laboratórios, a partir dos recursos que financiam os projetos;propicia a melhoria e o desenvolvimento dos produtos e processos das empresas através do conhecimento adquirido, beneficiando a sociedade como um todo. Além de tudo, as fundações devem sempre ressarcir as IFES pelo uso de bens e serviços próprios da instituição quando da utilização dos mesmos nos projetos de pesquisa, ensino, extensão e inovação, conforme determina o § 2º do art. 8º do Decreto 7.423/2010 que regulamenta a Lei 8.958/94. Esses projetos gerenciados pelas fundações de apoio, tanto os de pesquisa como os de extensão, tais como os cursos de pós-graduação lato sensu, que são objeto de contratos/convênios com instituições públicas ou privadas produzem um acervo incomensurável e de grande valor para as IFES e ICTs, representado por monografias, dissertações, teses, artigos apresentados em conferências nacionais e internacionais e em prestigiosos periódicos, além de inúmeras patentes que geram inovação para o mercado.